環境省では、日本国内における絶滅のおそれのある野生生物を生物学的観点から調査し「レッドリスト」として公表しています。

日本のレッドリスト（平成19年8月3日公表）

動物
哺乳類 42種 センカクモグラ、ダイトウオオコウモリ、ニホンカワウソ、ラッコ、イリオモテヤマネコなど
鳥類 92種 コウノトリ、カンムリワシ、ヤンバルクイナ、ウミガラス、シマフクロウなど
爬虫類 31種 イヘヤトカゲモドキ、クメトカゲモドキ、キクザトサワヘビ、アカウミガメ、アオスジトカゲなど
両生類 21種 アベサンショウウオ、ハクバサンショウウオ、イシカワガエル、ナゴヤダルマガエル、ナミエガエルなど
汽水・淡水魚類 144種 コゲウツボ、ミヤコタナゴ、リュウキュウアユ、ベニザケ、アオギスなど
昆虫類 239種 ハダカトンボ、ミハマオサムシ、オガサワラメンハナバチ、サツマツノマユブユ、ホシチャバネセセリなど
貝類 377種 ヤベカワモチ、ハハジマヤマキサゴ、ミヤザキムシオイ、ベニゴマガイ、オンセンミズゴマツボなど
クモ類・甲殻類等 56種 カブトガニ、イツキメナシナミハグモ、ホンドワラジムシ、シオカワヨコエビ、シノハラフサヤスデなど
動物小計　1002種
植物
維管束植物 1690種 ヒモスギラン、ボウカズラ、ミヤマハナワラビ、シノブホングウシダ、ワラビツナギなど
蘚苔類 229種 ナンジャモンジャゴケ、ミギワイクビゴケ、ノグチゴケ、フジサンギンゴケモドキ、ヤマゴケなど
藻類 110種 クロオコックス、ベニミドロ、オオイシソウ、ウシケノリ、カワモズクなど
地衣類 60種 カニメゴケ、オアケシゴケ、イリオモテシロコナモジゴケ、タチクリイロトゲキノリ、ミヤマヒジキゴケなど
菌類 64種 シロタマゴクチキムシタケ、ハエヤドリトガリツブタケ、クビオレカメムシタケ、シロアリタケ、オオメシマコブなど
植物小計　2153種
合計　3155種